V začetku prejšnjega stoletja je ljubljanski škof dr. Anton Bonaventura Jeglič spoznal, da je potrebno ustanoviti gimnazijo in zavod, kjer bodo dijake vzgajali tako, da bodo kot izobraženci tudi zavedni Slovenci in zgledni kristjani. Del sredstev je škof Jeglič pridobil s pomočjo nekaterih duhovnikov, v glavnem pa je bil zavod zgrajen s sredstvi, zbranimi od preprostih slovenskih vernikov.
Delo so pričeli julija 1901, ko je škof Jeglič blagoslovil temeljni kamen. Prvi dve tretjini zavoda sta bili zgrajeni do leta 1905, zadnja tretjina (levo krilo) pa leta 1910. Po mnogih težavah je zrasla velika ustanova: Zavod sv. Stanislava s prvo slovensko gimnazijo. Na pročelju stavbe je dal ustanovitelj zapisati Kristusu, Zveličarju sveta.

Poslanstvo gimnazije je bilo tako vzgoja značaja kot izobrazba razuma: le izobrazba namreč ni dovolj, saj je »lahko kdo velik v kraljestvu znanosti, pa je neznačajen človek«. Prva matura leta 1913 ima zgodovinski pomen, saj so jo dijaki prvič opravljali v slovenskem jeziku. Med prvo svetovno vojno je bila v zavodu vojaška bolnišnica, učenci višjih razredov so bili v vojaški službi. Po vojni je zavod v novih razmerah in v novi državi (Jugoslaviji) nadaljeval svoje delo.

28. aprila 1941. leta je stavbo zasedla nemška okupacijska vojska, dijaki in profesorji pa so morali zavod zapustiti v treh urah. Vzgojno-izobraževalno delo se je bolj ali manj moteno nadaljevalo na drugih lokacijah v Ljubljani. Škofijska gimnazija je bila uradno ukinjena 5. junija 1945, prostore zavoda pa je takoj po končani vojni zasedla jugoslovanska armada. Maja in junija 1945 je bila stavba in njena okolica zbirni center, iz katerega so v smrt odpeljali na tisoče slovenskih domobrancev in civilistov, potem pa je bila tu vojašnica jugoslovanske armade.

Po osamosvojitvi Slovenije leta 1991 je prva demokratično izvoljena oblast poskrbela, da je bil Zavod sv. Stanislava vrnjen prvotnemu lastniku, ljubljanski nadškofiji. 13. novembra 1992 je ljubljanski nadškof in metropolit dr. Alojzij Šuštar v skladu z veljavno zakonodajo ponovno ustanovil Zavod sv. Stanislava za vzgojo in izobraževanje. V njegovem okviru so postopoma začele delovati njegove enote: gimnazija, dijaški dom, glasbena šola, Slovenski dom, študentski dom in osnovna šola.

Pred drugo svetovno vojno je v Škofijski klasični gimnaziji dozorevala slovenska katoliška inteligenca, ki je velik del 20. stoletja odločilno oblikovala cerkveno, kulturno in družbeno podobo slovenskega naroda. Na god sv. Stanislava, zavetnika zavoda, se pri maši in na svečani akademiji srečujejo generacije nekdanjih in sedanjih dijakov. Na akademiji podeli nadškof pohvale najboljšim dijakom.

Prvi direktor zavoda je bil prelat dr. Borut Košir, ki ima velike zasluge, da je zavod v času sedemletnega vodenja zopet umestil v slovenski kulturni in izobraževalni prostor. Sledil mu je dr. Anton Jamnik, ki je zavod uspešno vodil do praznovanja 100-letnice ustanove. 15. novembra 2005 ga je papež Benedikt XVI. imenoval za ljubljanskega pomožnega škofa.
Vodenje zavoda je januarja 2006 nadškof msgr. Alojz Uran zaupal dr. Romanu Globokarju, ki zavzeto nadgrajuje začrtano pot.

Od upokojitve aprila 1997 pa do svoje smrti 29. junija 2007 je v zavodu stanoval nadškof dr. Alojzij Šuštar ter s svojim bivanjem in molitvijo obogatil vsakdan zavoda. Zanj je predano skrbela s.Mira Rožanc.
Leta 2005 je Zavod sv. Stanislava praznoval 100-letnico svojega obstoja. Ob tem jubileju se je zvrstilo precej pomembnih dogodkov: slavnostni koncert Dubravke Tomšič Srebotnjak, izid jubilejne znamke, mednarodni simpozij Znanje, veščine in vrednote – izobraževanje za prihodnost, zahvalna maša v ljubljanski stolnici in slovesna akademija v Gallusovi dvorani Cankarjevega doma.

Na vrh