Duhovna ponudba v Zavodu sv. Stanislava je namenjena osebni rasti dijakov in temu, da postajajo sposobni samostojnega življenja. Cilj duhovnega življenja je tudi ustvariti ugodne pogoje za zrelo in samostojno odločitev za vero. Pri tem je treba spoštovati različne poti iskanja, razmere, iz katerih mladi prihajajo, in različne izkušnje, ki jih nosijo v sebi.
Dijaki in zaposleni se lahko pred poukom udeležijo jutranje maše v mali kapeli. Pouk se začne in konča z duhovno mislijo. Vsak razred pa ima vsako leto tudi skupno duhovno obnovo. V šolski kapeli je vsako jutro pred poukom sveta maša, ki se je lahko udeležijo dijaki in profesorji. Slovesne svete maše ob začetku in zaključku šolskega leta ter na praznik sv. Stanislava obhajamo v župnijski cerkvi v Šentvidu. Bogoslužje oblikujejo dijaki in zbori Škofijske klasične gimnazije. Na praznik sv. Rešnjega Telesa in Krvi romamo k Mariji Pomagaj na Brezje. Za osebni pogovor so dijakom na voljo duhovniki.
